一旦艾滋病病毒进焯拜芪恨入了人类的身体，它就附着于一种叫做CD4也叫做T4细胞的白细胞中，它们是机体内对抗医汉剡蒂疾病的主要的战士。当出现感染时，CD4细胞会主导对抗感染的战役，以防止机体生病。这种细胞的损坏，会影响人体对抗疾病的能力和整体的健康。
当艾滋病病毒在CD4细胞里有了立足处之后，会把自己的RNA注射到细胞中。RNA会在附着在寄主细胞的DNA上面并且成为细胞的一部分遗传物质，实质上是接管了细胞。利用细胞的分裂机制，病毒开始复制并生产出无数个自己的副本。然后这些细胞会进入血液循环，附着在其它的CD4细胞上继续复制。结果就是，血液中的病毒数会增加而CD4细胞会减少。
因为上述过程，在刚刚感染后，感染者的病毒载量会非常高而CD4的数量会很低。但是很快机体的免疫系统会制造更多的CD4细胞全力以赴的对抗病毒。许多病毒会被从血液中清除。为了应对迅速复制的病毒，每天会产生数以亿计的CD4细胞，但是病毒也会以相同的比例增长。病毒和CD4细胞之间的战役会在即使感染者没有症状的时候持续下去。
但是几年，十几年或更多年之后，当体内的病毒数量增长到非常高的水平时，身体的免疫系统很难再持续战斗。天平开始向病毒倾斜，而人体开始变得容易被各种疾病所感染。这些感染称作机会性感染，因为它们是利用免疫系统虚弱的机会而乘虚而入的。在这个阶段，每毫升的CD4细胞的数量(叫做CD4计数)健康人大概是在500到1500个的范围，对于感染者会降低到200个以下。而这个阶段血液中的病毒载量则会非常高。
机会性感染是由细菌、病毒、真菌和寄生虫引起的。一些对HIV感染者常见的机会性感染有：
-结核分歧杆菌(MAC)
-结核病
-沙门氏菌病
-杆菌血管瘤病(由细菌引起的)
-巨细胞感染
-病毒性肝炎、疱疹
-人类乳头瘤病毒(HPV)
-进行性多灶性白质脑病(PM-)(由病毒引起的)
-念珠菌病
-隐球菌脑膜炎(由真菌类引起的)
-卡式肺囊虫肺炎(有寄生虫引起的)
-HIV感染者还可能会的肿瘤，如卡波希肉瘤和淋巴瘤
世界卫生组织和中国疾病预防控制中心列出了一系列艾滋病相关的疾病。当出现这些疾病的时候，就说明HIV感染者已经进入到HIV感染的后期阶段并且发展成为了艾滋病。HIV感染者发展成为艾滋病人的进程是高度个人化的。有些人会是5年左右，而有些人则可能是十几年。对病毒载量和CD4计数的测量可以帮助医生评估一个感染者的健康状况。