原理不同
3pin的风扇接口主要就是红黑两根电源线基础上增加了一根黄色或者黑黄绿的线，主要是起着测速的作用，通过主板能够侦测到风扇是否在转、转速为多少，但是3针散热风扇的调速是通过调整风扇电压来实现的，此外，能不能调速还需要看下主板是否支持。
4pin的风扇是在3针基础上又多了一根PWM线（脉宽调变），通过调节控制线方波的占空比，从而调节风扇转速，控制范围较大，且调速比较线性。PWM线就是利用PWM机制来调节风扇转速，而风扇电压是恒定的，避免了控制电压来变速的一系列弊端。
转速调节不同
4pin风扇，带有PWM电源管理芯片，多出的那条线是转速调节线，根据负责和温度变化来智能控制风扇的转速。
3pin风扇没有PWM调节能力，但可以检测风扇转速，也有一些可以调整，但不是智能调整，需要使用者使用软件或调速器进行调整。
控制的灵活度不同
3pin风扇能不能调速需要看主板是否支持，这种调节转速并不够灵活，不能实时反映CPU状态的信息，还需要在主板BIOS中进行各种设置。还有就是不同的风扇还有不同的启动电压，电压调速不是线性的，通过电压控制转速有可能导致低电压时达不到风扇所需的启动电压，出现风扇停转等情况。
而4pin风扇上的PWM风扇无需依赖主板BIOS，更加省心方便。PWM脉冲信号可以输出不同的占空比，0-100%之间的占空比就能调节出不同的风扇转速，所以能够做到精确、灵活控制。