植物miRNA靶基因预测是植物学门类生物信息学分析的一个热点,今天介绍第二个在线预测工具,PMTED。
工具/原料
电脑(联网)
方法/步骤
1、百度搜索PMTED,第一个结果进入。
2、在标题栏里面有一个BasicInformation,里面有四种方法,分别是通过miRNA、实验、靶基因和靶预测。
3、点击靶预测之后,界面跗柿椁焚如下,是不是似曾相识呢?对了,和psRNATarget:APlantSmallRNATargetAnalysisServer的是不是有点类似?
4、在文本框内输入要预测的miRNA序列,方法与psRNATarget:APlan隋茚粟胫tSmallRNATargetAnalysisServer类似,点击Predict即可。不再赘述。
5、如果这样预测的速度慢的话,可以点击Ba衡痕贤伎sicInformation中的ViamiRNA。在这个界面里,我们看到的是拟南芥的miRNA、序列和靶基因数目。
6、如果我们需要查找其他物种的miRNA及其靶基因,我们可以点击Organism的下拉箭头,会出现多种物种名称,我们以玉米为例说明。
7、选择玉米之后,出现如下界面。查找自己要找的miRNA,点击后面标注的靶基因数目。
8、是不是找到我们想要找的东西了????