利用HMM,jalview找基因家族

 时间:2024-09-22 19:23:17

本次介绍不能直接利用pfam号找hmm模型的情况。

工具/原料

hmm,jalview

电脑

方法/步骤

1、首先,拿到所需溴溢菏确要参考基因的蛋白质序列,然后将序列导入jalview,进行比对,如图(刚把序列放进去的时候,alignment可能是灰色的,稍安勿躁,软件可能需要反应一会儿)。

利用HMM,jalview找基因家族

2、然后结果出来之后,选saveas,将文本保存为如下模式

利用HMM,jalview找基因家族

3、再随后将stk文件改为sto文件,并将该文件拖入hmmer文件夹下,即

利用HMM,jalview找基因家族

4、然后我们打开命令提示符,输入以下,即可得到hmm文件,即建模。

利用HMM,jalview找基因家族

5、然后我们就可以比对啦~我们将hmm文件在要找的物种的蛋白序列中进行比对,如图

利用HMM,jalview找基因家族

6、然后就可以得到所需要的序列咯

利用HMM,jalview找基因家族

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