进化树的构建方法

 时间:2024-11-05 20:29:13

系统进化树又称为演化树,是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树.在树中每个节点代表其各个分支的最近共同祖先,而节点的线段长度对应了其演化的距离。

进化树的构建方法

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工具/原料

电脑

MEGA软件

方法/步骤

1、在NCBI上搜索所需的目的序列,以Metallothionein(MT)为例。

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2、将所需目的序列复制到Word上,形成如图格式。

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3、下一步用MEGA7构建进斟闽擞呦化树。首先打开MEGA,然后点击Align,点击Edit/BuildAlignmen墉掠载牿t,然后在弹出的小框中选择Createanewalignment,点击OK,根据你的需求选择Protein或DNA,如果比对的是核酸则点击DNA,若是蛋白质则点Protein.在此以Protein为例。

进化树的构建方法

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4、点击Protein,出现如下第一张图所示,然后将目的序列粘贴,变成第二张图所示。

进化树的构建方法

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5、点击Date菜单中的绯摺驼予PhylogenticAnalysis点击Yes,然后在主菜单中点击Analysis,点击Phylogeny并选择第二个。点击YES,然后在弹出的框中点击compute

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6、下图即为所构建的进化树。

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