做基因芯片数据数据分析的科研君们拿到分析结果是一定是一桌薜兀变头雾水,这圈圈点点是什么意思,这些线虚虚实实又表示什么,红色和绿色有什么区别?为了让科研更顺畅,小编给大家奉上一个网络图的经验宝典。
方法/步骤
1、根据基因在样本中的信号表达值,利用基因间的相互作用(相关系数)来拟合基因的无标度网络关系,构建基因间的共表达网络,结果样式如图。点:图中每个圆点代表一个基因。
2、颜色:对于两分组(例如实验组和对照组),红色点为上调基因,蓝色为下调基因,对于多分组(例如组1,组2,组3),由于差异基因中不分上、下调,所以紫色为差异基因。
3、连线:两个基因的共表达关系用连线表示,正相关用实线连接,负相关用虚线连接。
4、数量:一般基因数量建议控制在200-1000左右,数量太少可能会由于关系太少,连不成网络图,数量太多网络图会太大,不便于后续挑选。
5、挑选:点的大小代表与之有共表达关系的懋鲕壶迎基因数量,点越大,代表与之有共表达关系的基因越多,推测其越重要,是网络图中的核心基楞侩贳淞因,可以挑选做后续的验证试 验或进一步的分析,同时还可根据关注的基因来挑选。如上图中MIOS、MYPN和CTSK等点大的点是网络中的核心基因。