在天然药物提取过程中，一些杂质常给提取工作带来比较大的麻烦，而且去除它们有时候又较困难，为此在提取之前采用适宜的方法就将杂质去除能够大大简化后续工作
方法/步骤
1、鞣质明胶沉淀法：样品水溶液加4%明胶水溶液，至沉淀完全，过滤，滤液减压浓权纲轳薯缩至小体积，加3-5倍酒精，使过量明胶沉淀，收墩芬蓥然后滤去沉淀。如果过量明胶尚未除尽，可将滤液浓缩后，再用酒精沉淀一次。生物碱沉淀法：常用的是咖啡碱，其他生物碱及吡啶也可用。样品水溶液加入1.5%咖啡碱水溶液至沉淀完全，过滤，滤液用氯仿振摇，除去过量的咖啡碱，即得除去鞣质的水溶液。醋酸铅沉淀法：试液中加入饱和醋酸铅水溶液至沉淀完全，鞣质被沉淀出来。聚酰胺法：此法缺点是价格较贵，制备聚酰胺粉比较麻烦氨水沉淀法：将含有鞣质的乙醇液，加氨水调节至合适的pH至沉淀完全，过滤即可。
2、叶绿素：生药用水提取时，水提液中叶绿素可用苯或氯仿抽提除去；如用酒精提取，酒精龃很莠萨浓缩液加水，放置冰箱，叶绿艾绱书虻素常可沉淀处理啊。用70%左右酒精提取时，回收酒精至浓缩液中含15-20%左右时止，放置冰箱，绝大部分叶绿素可沉淀出来。如果叶绿素不能析出，可用苯或汽油抽提除去叶绿素。如果生物碱与叶绿素共存，可用酸水处理，生物碱进入酸水，叶绿素不溶。用铅盐法也可除去叶绿素。叶绿素能溶于碱水，有时可用碱水处理，除去叶绿素。但这只是有效成分不溶于碱或对碱稳定时才能才用。
3、油脂、蜡和树脂：提取之前用石油醚或者苯提取即可.
4、蛋白质：用有机溶剂提取时，蛋白质不会被提出。用水提取时，蛋白质可用酒精或甲醇沉淀除去，也可用铅盐法除去。
5、无机盐：有效成分是蛋白质、多肽、多糖时，可用透析法除去无机盐和单糖、双糖等；有时可用离子交换树脂、聚酰胺、活性炭层析法来除去无机盐。
6、糖和淀粉：用有机溶剂提取时，淀粉不会被提出，用丙酮、甲醇、乙醇等极性溶剂提取时，有时会带出少量糖。许多植物的根含有大量的糖和淀粉，若用水提取时，水提取液中含有大量的糖和淀粉，在这种情况下一般避免用水来提取。如用水提取则可将水液蒸干，用无水酒精处理，糖和淀粉不溶，可被除去。若有效成分溶于乙酸乙酯、氯仿等，则可用它们萃取水液，将有效成分提取。