20年前，在遥远的外涂尉郑堑太空，有一个星球，我们叫它毒菇星球，这里环境恶劣，当地的居民们，便将视线转到了一个美丽的星球上…………
嗑捭蟮阁20年前的一天一大早，儿时的马里奥兄弟来找儿时的碧琪公主玩，碧琪公主忠实的年轻的侍从奇诺吉（直到现在，奇诺吉也对碧琪公主忠心耿耿），他对马里奥宝宝兄弟说：“年轻的大师们！你们终于来了!年幼的公主殿下要生气了！”这之后，程序会提示你用方向键控制兄弟移动，另外，按X让马里奥宝宝跳跃，按Y让路易基宝宝跳跃（如果你用的是模拟器就用你设置的XY对应控制键跳跃）。
向上走，来到大厅，可没想到的是，这里被弄得一团糟，有三位奇诺比奥倒在地上不省人事，奇诺吉既惊讶又害怕：“我说，这是怎么一回事？！这里怎么一团糟？！公主呢？！”这时，一个小孩子的声音传来：“哇哈哈哈！”原来是小时候的库巴！（看起来很可爱嘛）他背着碧琪公主宝贝，想要掳走年幼的碧琪公主！（想不到库巴绑架公主，马里奥兄弟去救这些事，从他们小时候就开始了啊！）奇诺吉想要阻止他，却被其打败，马里奥宝宝见状，马上勇敢的冲了上去，为了碧琪公主！
作为第一场教学战奇诺吉会为我们讲解（当然，如果提前知道可以跳过），首先按X跳跃选择跳跃攻击方块，再按X键确定攻击目标（若有多个目标则可以用方向键切换攻击目标），当快踩到目标上方时，再按一次X可以加大伤害。当敌人准备攻击你时，按相应的按键可以跳跃躲避攻击，库巴宝宝蓄力结束时（声音结束）跳起便可躲过。
打败库巴宝宝后，马里奥宝宝兄弟本想庆祝，却听到了一阵外星飞碟的声音，一段时间后，碧琪城堡被袭击了！原来是毒菇星球为了获得新的家园，开始了对地球的侵略行动！第一个目标就是蘑菇王国！
蘑菇王国沦陷了，马里奥宝宝兄弟该怎么办呢？