如何浏览从chembl下载的分子结构及其活性信息

 时间:2024-11-10 20:14:03

一琐绔纠滴般而言,我们从chembl数据库下载的文件不包括小分子化学结构图片,只有结构信息SMILES,无法同时直接浏览结构与活性傻疑煜阖信息。那有什么好的工具可以同时浏览结构与活性信息呢?——化学信息管理系统可以做到这点。我们以上次经验DDP4小分子活性表为例,介绍一下如何利用英夫化学信息管理系统做到同时浏览结构与活性信息。

工具/原料

英夫化学信息管理系统

chembl数据库下载的小分子活性表(csv格式)

方法/步骤

1、创建项目进入系统后,在左边栏目找到项目管理,然后点击“创建”按钮,弹出项目创建框

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2、模板亨蚂擤缚字段在名称一栏输入《DPP4抑制剂调研》,然后点击“下一步”,进入比较关键的一步。之前我们下载的DPP4小分魔嗾姒缚子活性表存在很多信息,包括活性数值,活性类别,以及文献信息等。但如何让系统读取这些信息呢?——我们需要将活性表的表头一一添加到模板字段里。这里有两种方法,一种添加内置模板(见步骤3),另外一种就是手动一一添加(见步骤4)。

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3、添加内置模板点击“内置模板”按钮后,弹出内置模板选择框,瘫蝠熨夯我们点击chembl分组,然后勾选所有,再点击“加载”按钮,弹出提示框,点击“确认”即可加载所有的chembl模板字段。

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4、手动添加模板字段在《添加模板字段》的文本输入框输入“STANDARD_VALUE”,然后选择字符串类似,点击“添加”即成功添加一个字段,然后再一一添加其他字段

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5、上传信息添加完模板字段,我们进入项目中,点击“批量添加分子”,选择本地的分子文件,打开,即可批量添加成功。

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6、浏览数据我们的目的是同时浏览结构与活性信息,系统默认显示结构(表格模式),点击“列表”切换显示,此时,我们可以同时浏览结构与活性信息。

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