动植物基因组Denovo测序分析也叫从头测序分析，不依赖于任何参考序列信息就可对某个微生物进行测序分析，使用生物信息学方法进行序列拼接获得该物种的基因组序列图谱，并进行基因组结构注释、功能注释、比较基因组学分析等一系列的后续分析，该类型测序分析结果可以广泛应用于农林鱼牧医药及海洋等各个方面。
工具/原料
1）动植物基因组图谱的系统性构建
例子：12月2日发表在N瞢铍库祢atureCommunications杂志上的弹涂鱼，又称跳跳鱼，是世界上资粞持迎唯一一种能在陆地上活动的鱼类。它们适应独特的生境，生活在近海沿岸及河口高潮区以下的滩涂上或是咸淡水的交界处。弹涂鱼既能在水中呼吸，也能在空气中呼吸。研究显示，弹涂鱼的鱼鳃中有关氨排泄的几个基因经历了正向选择，“表明它们对于弹涂鱼耐受环境氨的能力很重要”。此外，研究人员还对弹涂鱼的视觉相关基因进行了研究。脊椎动物从水生向陆生过渡是一个重要的进化事件，而弹涂鱼基因组为此提供了宝贵的信息。（来自生物通的报道）
2）复杂性状基因的研究和动植物分子育种应用
例子：比如掌握了小麦的基第峥廖炅于单条染色体的全基因组序列资源，植物育种家便有了新的高质量工具，可以用来加速育种计划、鉴定控制复杂性状的基因，如产量、谷物质量、病害、抗虫、以及非生物逆境胁迫等。他们瞀闩程狨从而能培育出新一代更加高产和更有持续性的小麦品种，在不断变化的环境中满足人口增长的需求。（来自于生物通的报道）
基本分析流程图
2、示例图1系统发生树构建
3、示例图2近缘物种间比较基因组分析
4、注：以上图片及图片皆来自参考文献[1]和[2]。