《阿珀墩猥樨尔宙斯》一周目和二周目区别主要在于玩家继承的物品以及获得的宝可梦不同，具体的区别为：
继承的物品不同。《阿尔宙斯》一周目是没有任何继承物品的，玩家需要重新获得道具装备。而《阿尔宙斯》二周目可以继承一周目的一些物品道具。
游戏的难度不同。《阿尔宙斯》一周目的游戏难度相对比较低，怪物的等级和血量也低。而《阿尔宙斯》二周目的游戏难度比较高，怪物的等级和血量也比较多。
神兽捕捉的情况不同。当玩家成功通关《阿尔宙斯》一周目后就可以进入二周目的神兽捕捉剧情。而《阿尔宙斯》一周目是没有神兽捕捉的剧情的。