潜伏感染细胞的存在<漆虱忧甘/p>
HAART问世后不久，有研究表明尽管在外周血中检测不到HIV，HIV感染的CD4+细胞储藏库可以在感染者体内存在4～60年。对于抗病毒治疗后检测不到病毒的邗锒凳审个体是否有新的病毒感染的问题仍存在争议。在有些个体中，病毒复制被完全抑制似乎不会发生新的感染。这种现象可从病人体内的病毒包膜蛋白序列没有改变而反映出来，提示血浆中大多数的病毒是从细胞储藏库中来，而不是外周血CD4+T细胞。
然而，在其他的研究中，被抑制病毒的基因序列随着时间发生改变，HAART治疗个体的细胞中发现了还没有整合的DNA，这些都提示有新感染的发生。在不同CD4+细胞和单核细胞中，病毒可以具有基因多态性，而且在病毒复制能力和耐药性上也不同。在有些病例中，感染的细胞继续以或高或低的水平产生病毒，而在另一些个体中则表现为潜伏感染，只在细胞活化后才产生新的病毒(关于潜伏感染的讨论见第5章)。
在HAART治疗至少2年的病人的淋巴结中还可检测到HIVRNA和DNA，但是在生殖器分泌液或CSF、中则检测不到。感染的CD4+细胞的长期存活(有些是潜伏感染)可发生于HIV急性感染期，因此在原发感染时就进行治疗可以减少这些细胞储藏库的数量，而不是阻止他们的发生。
这些研究结果并不令人惊讶，因为逆转录病毒感染的特性是建立持续感染，而不是导致感染细胞死亡。实际上，这些细胞储藏库是以前在感染者血液中的病毒的存档。而耐药株和野毒株的同时存在也证实了这一点，因为通常耐药株的复制能力较差，终止治疗常导致对药物敏感的野生型病毒成为优势株。因此，有些治疗方案通过中断治疗，使多重耐药株被敏感株(来自细胞储藏库)取代，然而再进行治疗。但是，这种做法似乎没有太大益处。当治疗重新开始时，通常又会产生耐药，而这些耐药株主要来自潜伏的储藏库中。