IGV(Integratedgenomeview娣定撰钠er)和IGB(Integratedgenomebr泠贾高框owser)是比较常用的本地基因组浏览软件。但是它们使用了两种不同方法给序列编号,初次使用很容易被它们之间的编号错位所迷惑。
工具/原料
IGV
IGB
方法/步骤
1、打开IGV,加载人参考基因组序列版本hg19,定位到chr1:2112413,碱基为T。
2、打开IBG,加载人参考基因组序列版本hg19(即H_sapiens_Feb_2009),定位到chr1:2112413,碱基为C。
3、问题描述如步骤1和2中所示,问题出现了,同样的参考序列,同样的位点,为什么碱基不一样?恰好错开了一个位置。难道软件出错了吗?
4、问题解答这是由于IGV和IGB使用了不同的编号规则,前者用的是艺皱麾酪one-base方法,后者用的是interbase方法。简单理解这怎剑词阶两种方法的差别就是,当使用one-base方法时从1开始编号;而当使用interbase方法时从0开始编号。所以IGV中的2112413位点在IGB中应该为2112412位点。这样,碱基和编号就能对应了。